環境工程設計證書的申請涉及多個步驟，具體包括初審范圍和程序。初審范圍主要包括環境工程設計甲級證書和乙級證書。申請單位需按照具體程序進行。國務院各部門直屬單位首先需將填寫的申請表及相關材料提交至所屬行業主管部門，再由該部門簽署意見，最后上報國家環境保護總局審核。而對于南京市環保系統的申請單位，則需要向南京市勘察設計市場管理辦公室和南京市環保局提交申請，經初步審核后，由南京市建設委員會和環保局簽署意見。其他申請單位也需向南京市環保局和南京市勘察設計市場管理辦公室提交材料，同樣需要獲得南京市環境保護局和建設委員會的審核意見。申請單位需滿足一些基本條件，包括依法設立并具有獨立法人資格，擁有穩定組織機構和固定辦公、設計及試驗場所，并符合申請的環境工程設計證書級別和行業分類要求。同時，申請單位還需提供11項材料，具體包括正式批準成立設計機構的文件、企業法人營業執照副本或事業單位法人證書、已領取的工程設計證書、咨詢評估證書、環境工程獲獎項目證書、符合申請等級并已建成使用的環境工程項目一覽表、環境工程項目有關證明材料、主要技術骨干職稱及人事關系證明、主要技術裝備一覽表、辦公、實驗、化驗場所證明、單位章程和全面質量管理制度文件。以上11項材料需按一式二提供，而以下三份申請表則需按一式五份填寫，它們分別是工程勘察、工程設計資格證書申請表、工程設計收費資格證書申請表和現場考察申報表。這些申請表需從市環保監測產業科技處領取。初審將在受理申請之日起60天內完成，對于符合基本條件的申請單位，市環保局將統一向上級報送審核材料。經審核同意的單位將獲得《專項工程設計證書》、《專項工程設計證書》（副本）和《工程設計收費資格證書》，而不符合要求的單位將收到市環保局的書面通知。