北京同仁醫院亦莊院區和崇文門院區主要有以下幾點區別：1. 位置不同：亦莊院區位于北京市大興區亦莊開發區榮華南路29號，而崇文門院區位于北京市東城區崇文門外大街6號。2. 醫療設施和服務不同：亦莊院區設有眼底病科、眼腫瘤科、小兒眼科等，而崇文門院區則設有青少年近視醫療中心、角膜和外眼病科。3. 就診環境和專家數量不同：崇文門院區也稱為東西區，是同仁醫院的老院區，也是總院，出診的醫生更多，百分之九十的專家都是在這出診，檢查室更多檢查機器更多，所以同一項檢查能比亦莊院區更快做上，但就診環境比較老舊。亦莊院區也稱為南區，是同仁醫院的新院區，為了緩解北京南部的醫療壓力而建設的，出診的醫生較少，好的專家更是少之又少。雖然就診環境好但檢查室和檢查機器數量較少，很多檢查都比較慢。同仁醫院掛號時不要掛亦莊院區的號，因為亦莊院區的專家很少，而同仁醫院是掛誰的號就是誰給手術，所以最好還是掛東西區的專家。以上信息供您參考，若您需要更詳細的信息，請您前往同仁醫院官網或同仁醫院線下門店進行咨詢。