澎湖巡檢司（澎湖寨巡檢司），元明時期設置于澎湖群島的官署。1281年（元世祖至元十八年）設置，隸屬于元朝福建行省泉州府，主官為澎湖巡檢。明初循之。1384年（明太祖洪武十七年），因為實施海禁政策而廢除澎湖巡檢司。1563年，考量到沿海治安等因素，復設。1622年，荷蘭人占領澎湖。1624年，明軍收復澎湖。其說明在12、13世紀，澎湖群島就已經納入中國版圖了。申明了澎湖列島是中國不可分割的一部分。澎湖寨巡檢司，或稱澎湖巡檢司，設置于澎湖群島。設治時間1292年（元世祖至元二十九年）也就是根據一般史書及元史、新元史，考定：“蒙元世祖遠征日本因風失敗，迂回臺灣，道經澎湖設治澎湖，企圖進取臺灣，作為征日本之準備。”該地方區劃隸屬于福建泉州府，主官為澎湖寨巡檢。澎湖巡檢司不但是澎湖群島的首次行政區劃，也是臺灣地區的首次官署設置，但臺灣本島并未在內。這一機構原本設于澎湖島，負責管理臺澎地區事務。擊敗元朝取得中國政權的明朝仍依循前例于澎湖設置該官署。到了明代，由于倭寇出沒，臺澎地處海隅，明政府遂采取堅壁清野政策，1384年因為實施封海政策，予以廢除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝復設澎湖寨巡檢司。此官署直至1622年，荷蘭占領澎湖，1624年通過澎湖之戰明朝收復澎湖。元朝政府管轄澎湖、臺灣地區的行政機構。元世祖滅宋后在澎湖設立巡檢司，隸屬于福建行省泉州路同安縣，是中國在臺灣附近島嶼設立正式建置的開始。巡檢司是中國元明清時期縣級衙門底下的基層組織。該組織于元朝創造時，通常為管轄人煙稀少地方的非常設組織，除了無行政裁量權之外，也沒有常設主官管，而且沒有什么軍事力量。明朝依其例沿用，不過佐以行政權力。