建筑工程規劃許可證面積與竣工實際面積有合同規定的，依照合同的規定，沒有合同規定的，實踐中一般允許工程竣工實測面積和規劃許可證面積出現誤差，但總建筑面積最大允許誤差為3%，且項目總建筑面積允許誤差累計不得超過500平方米。　　建設工程竣工后，竣工實測建筑面積與《建設工程規劃許可證》之間誤差在允許范圍之內的項目，規劃管理部門按照竣工實測建筑面積核發《建設工程規劃驗收合格證》，竣工實測建筑面積與《建設工程規劃許可證》之間誤差超出允許范圍的項目，超出部分認定可以保留的，按規定進行處罰，處罰完畢，建設單位依法按程序重新申請變更《建設工程規劃許可證》，變更完成后，規劃管理部門核發《建設工程規劃驗收合格證》。　　建設單位持《建設工程規劃驗收合格證》（存在違法行為的同時持違法處罰決定通知），到國土房管部門辦理初始登記手續，登記測量面積超出土地出讓合同約定面積的，由國土房管部門按照登記測量面積，根據有關規定收取增加部分的土地出讓金，有關部門收取增加部分的配套費等費用后，再辦理初始登記手續。