百草枯和草甘膦是兩種不同的除草劑，它們的主要區別如下：1、作用機理不同。草甘膦是一種有機磷類內吸型除草劑，主要通過抑制植物內部有關酶的活性，干擾氨基酸的代謝，進而影響蛋白質的合成，最終導致植物死亡；百草枯是一種速效觸殺型滅生性除草劑，對植物綠色組織有很強的破壞作用，噴灑后2到3個小時即可見效，但它沒有內吸傳導作用，只能殺死著藥部位的植物組織，對植物根部和土壤內潛藏的種子無效，因此施藥后雜草可能再生。2、毒性不同。草甘膦誤服情況下，可能導致頭暈惡心、四肢無力、喉部疼痛等癥狀，嚴重時甚至致命；百草枯的毒性更強，誤服幾毫升即可致命，且無特效解毒藥，中毒癥狀包括多器官衰竭、肺部纖維化、呼吸衰竭等，非常痛苦。3、市場情況不同。草甘膦是世界上用量最多的除草劑之一；百草枯在中國早在2014年就被撤銷登記和生產許可，并停止生產，2016年水制劑也已在國內停止銷售和使用。4、使用時機不同。草甘膦適用于雜草生長旺盛時期，尤其是雜草開花前；百草枯則適用于雜草根部較小時期，通常在晴天的中午使用，因為高溫有助于提高除草效果。