兩者在土地性質不同、報建審批程序不同和概念不同。1、土地性質不同：自建房可以分為農村集體用地宅基地自建房和國有土地拍得后的自建房；非自建房符合上市進行交易的則是國有土地的出讓。2、報建審批程序不同：非自建房的土地要經過拍賣的方式，并獲得政府的審核以后才可以建房。而自建房要得到村里的人同意，再到備案部門進行備案以后才可以建房。3、概念不同：非自建房其實就是指經政府有關部門的批準，由房地產開發經營公司向政府機關單位租用土地使用權期限40年、50年、70年開發的房屋，建成以后一般會用于市場出售出租的房屋，其中包括了住宅、商業用房以及其他建筑物。一般非自建房又會被稱為“大產權房”。而自建房則是泛指擁有自有土地的單位和個人，自己組織并且再通過雇傭他人進行施工，而建造的房屋以及建筑，注意不能夠在城鎮規劃區外或建設用地范圍建房。