一般來說，商品房的地上部分和地下室部分可以分開辦理竣工備案證。在竣工備案階段，地下室部分和地上部分可以分開進行備案，但需要滿足以下兩個條件：1. 地上和地下室的施工是兩個獨立的施工許可證。2. 地下室的施工已經完成，并且已經通過了竣工備案。然而，如果地上和地下部分是作為一個整體進行規劃和建設的，那么它們通常不能單獨進行竣工備案，因為它們是作為同一個工程的一部分。因此，如果你有關于具體商品房的地上部分和地下室部分能否分開辦理竣工備案證的問題，建議您咨詢相關的房地產管理機構或專業人士，以獲取更準確的信息。
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