南京總統府到南京博物院的交通方式多樣。地鐵2號線是最便捷的選擇之一，從大行宮站步行約600米即可到達，乘坐地鐵2號線經過明故宮站后，再步行980米即可到達南京博物院。如果選擇公交車，5路和34路是不錯的選擇。它們從中山東路·逸仙橋站出發，步行約540米即可到達，乘坐公交車經過4站到達中山門站后，再步行約540米即可到達南京博物院。對于喜歡體驗觀光巴士的游客，可以乘坐觀光巴士東郊1線。從總統府·梅園新村站步行約170米即可到達，乘坐觀光巴士經過南京博物院·中山門站后，再步行約570米即可到達目的地。65路和y5路夜間公交也是可選方案。65路從總統府出發，步行約170米即可到達，乘坐公交車經過4站到達明故宮南站后，再步行約1.2公里即可到達南京博物院。y5路夜間從中山東路·逸仙橋站出發，步行約540米即可到達，乘坐公交車經過3站到達中山門站后，再步行約550米即可到達南京博物院。