南京大報恩寺內有多處著名景點，包括香水河橋、香水河河道、中軸線主干道、天王殿、大殿、塔基、觀音殿、法堂、御碑亭基址、琉璃寶塔及地宮。其中，琉璃寶塔最為引人注目。琉璃寶塔位于大殿之后，始建于永樂十年（1412年），直至宣德三年（1428年）才竣工，塔高78.2米，即便在數十里之外，亦可望見。塔身采用白瓷貼面，拱門則用琉璃制成。底層設有回廊，塔室內方形，各層塔檐、斗拱、平坐、欄桿裝飾有獅子、白象、飛羊等佛教題材的五色琉璃磚。由于各層尺寸不一，使得塔身顯得尤為精致。大報恩寺的建造耗時17年，而同期的北京紫禁城僅用了3年半。這主要歸因于琉璃塔的建設難度極大，導致工程多次延期。據后人估算，僅修建琉璃塔一項，所耗用的錢糧折合白銀高達248萬余兩。明成祖朱棣給琉璃塔御賜了"第一塔"的稱號，其特點可歸納為"三絕"。第一絕，巨構殊形，高聳云日。琉璃塔是中國古代最高建筑之一，高78.02米，相當于26層樓的高度。第二絕，通體琉璃，獨步古今。琉璃塔的主體為磚砌，除了塔頂有一根"管心木"之外，整個建筑不施寸木。其內外層全部用各種造型、顏色的琉璃構件榫合而成，這種獨特的裝飾藝術贏得了"中國之大古董，永樂之大窯器"的美譽。第三絕，長夜深沉，佛燈永明。每當夜幕降臨，琉璃塔上就會點燃144盞如火炬般明亮的油燈，徹夜不熄。這些油燈安置在塔壁的144扇窗戶內，窗戶由磨制得極薄的蚌殼制成，名為"明瓦"。自宣德三年琉璃塔建成之日起，大報恩寺就安排了100名僧人輪流值班，確保夜夜塔燈通明。據一份明代官員向皇帝提交的賬單記載，琉璃塔上每盞油燈每夜所需的燈油為六兩四錢，整個琉璃塔每月所耗用的燈油總量為1530斤。