蘭州水上巴士提供了多條運營航線，分別為蘭州港碼頭至十里店南/北岸碼頭，金牛街碼頭至蘭州港碼頭，以及鹽場堡客運中心碼頭至陸軍總院碼頭。后一條航線根據區域特性，配合重特大會展活動和節慶活動進行階段性投放。1號線的具體運營時間如下：夏季從4月1日至10月31日，上午運營時間從7:20至9:00，下午從17:20至19:00；冬季從11月1日至次年3月31日，上午運營時間分別為7:40、8:00、8:20、8:40、9:20，下午運營時間分別為16:30、17:00、17:20、17:40、18:00、18:20。此外，自2017年5月31日起，定制公交也開始運營。在夏季，金牛街碼頭的運營時間是上午7:50和8:20，下午17:30和18:30；蘭州港碼頭的運營時間是上午7:30和8:50，下午也是17:30和18:30。冬季時，金牛街碼頭的運營時間調整為上午7:50和8:20，下午17:00和17:50；蘭州港碼頭的運營時間則改為上午7:40和9:00，下午16:40和17:30。水上巴士的乘船地點包括蘭州港碼頭、陸軍總院碼頭、十里店南/北岸碼頭、金牛街碼頭以及鹽場堡客運中心碼頭，為市民提供了方便的水上出行選擇。