惠州海龜自然保護區目前暫無公交直達，若乘坐公交車，可從惠東縣車站出發，乘坐開往港口鎮車站的公交車，隨后可打摩的前往。自駕游者可選擇從惠州出發，首先沿廣惠高速行駛，在凌坑出口轉入深汕高速，于稔山出口下高速，再沿324國道朝汕頭方向前進，大約行駛5公里左右，在港口方向繼續前行約30分鐘即可抵達。以惠東站為起點自駕前往惠東港口海龜國家級自然保護區的具體路線為：1. 向南行駛6米；2. 左轉沿和諧路向東，行駛約1公里；3. 向右前方行駛沿稔廣路向東南，行駛50米；4. 同樣向右前方行駛沿稔廣路向東南，行駛約7公里；5. 然后向右前方行駛沿213縣道向西南，行駛約19公里；6. 直行沿金海灣大道向東南，行駛約10公里；7. 左轉沿210縣道向東，行駛約1公里；8. 右轉沿007鄉道向西南，行駛約2公里；9. 左轉沿環島公路向東，行駛約12公里；10. 右轉向西南，行駛267米；11. 左轉沿210縣道向東南，行駛297米；12. 再左轉沿跨海大橋向東，行駛約1公里；13. 向右前方行駛沿213縣道向南，行駛約3公里；14. 靠左向南，行駛515米；15. 最后左轉向東南，行駛757米；16. 最終左轉向東，行駛5米，即到達目的地。