南京醫科大學至南京圖書館有多條路線可供選擇。地鐵2號線是較為便捷的方式，從南京醫科大學出發，步行約230米至上海路站上車，乘坐2號線至大行宮站下車，再步行約230米即可到達目的地。另外，3路[外環]公交車也是個不錯的選擇。從南京醫科大學出發，步行約10米至永慶巷站上車，乘坐3路[外環]車至南京圖書館站下車，只需再步行約10米便可抵達。乘坐29路公交車也是一條可行的路線。從南京醫科大學出發，步行約10米至永慶巷站上車，乘坐29路至總統府站下車，再步行約140米即可到達南京圖書館。9路公交車也是個選擇。從南京醫科大學出發，步行約330米至漢中路·莫愁路站上車，乘坐9路至南京圖書館站下車，只需再步行約30米便可抵達。此外，68路公交車也是個選擇。從南京醫科大學出發，步行約10米至永慶巷站上車，乘坐68路至大行宮北站下車，再步行約250米即可到達目的地。對于位于江寧校區的南京醫科大學，前往南京圖書館則需要換乘地鐵。從南京醫科大學江寧校區出發，步行約180米至南醫大·江蘇經貿學院站上車，乘坐地鐵1號線至南京南站，然后換乘地鐵3號線，共17站，在大行宮站下車，再步行約300米即可到達目的地。