深圳機動車的車船稅通常由納稅人通過“交強險”業務的保險機構繳納，而深圳海事局則負責管理登記在該局的應稅船舶的車船稅，且可選擇在區地方稅務局進行繳納。對于那些根據《機動車交通事故責任強制保險條例》無需投保“交強險”，但仍然屬于車船稅征稅范圍的機動車，納稅人則必須前往區地方稅務局（稅務所）繳納。已辦理車輛登記，但在深圳以外地區購買“交強險”的深圳本地車輛，也可以通過微信中的“城市服務”功能來繳納車船稅。目前，深圳市代收代繳機動車車船稅的保險機構有中國人民財產保險股份有限公司深圳市分公司、中國平安財產保險股份有限公司深圳分公司、中國太平洋財產保險股份有限公司深圳分公司、太平財產保險有限公司深圳分公司以及民安財產保險有限公司深圳分公司。深圳海事局政務中心是代征船舶車船稅的地點之一，位于深圳市濱河路2031號海安中心2樓政務大廳，大亞灣海事局政務中心位于深圳市大鵬新區葵涌街道下洞光匯綜合樓五樓，鹽田海事局政務中心則位于深圳市鹽田區臨海路3號一樓政務大廳。此外，各區地方稅務局（稅務所）也是繳納車船稅的地點之一，包括羅湖區地方稅務局，地址位于羅湖區深南東路2028號羅湖商務中心；福田區地方稅務局，位于福田區華富路2039號；保稅區地方稅務局，地址在福田區八卦嶺八卦二路613棟西座。