第1種觀點： 申請港澳通行證流程如下：1、提交申請。申請人可先在網上提前預約申請，或直接到現場提出申請，并按照規定填寫中國公民出入境證件申請表，準備好需要提交的相關證明材料；2、數碼照相。申請人需要提交本人數碼照片兩張，可直接在現場進行拍照；3、采集指紋。申請人在工作人員的指引下進行指紋采集或者核驗指紋，16周歲以下的申請人是否采集指紋根據其監護人的意見確定，采集后拿號等待辦理；4、受理申請。工作人員對申請人提交的材料進行初審，并出具繳費單給申請人；5、繳納費用。申請人到指定窗口繳納辦證及簽注所需的費用，制證費用100元，簽注費用以簽注類型而定，并領取回執單；6、制作證件。受理申請后，由省公安機關出入境管理機構負責制作電子港澳通行證，并將制作好的證件送回接受申請的出入境管理機構；7、發放證件。申請人在制證完成后，到辦理的出入境管理機構領取證件；若選擇快遞形式收件的話，只需等候快遞人員上門進行簽收即可。申請港澳通行證需要的資料如下：1、《中國公民出入境證件申請表》1份，申請人近期正面藍底光面彩色照片1張，并提交照片回執；2、申請人居民身份證及復印件；3、國家工作人員（登記備案人員）同意出境的證明；4、未滿16周歲的申請人應當提交監護證明，以及一方監護人的居民身份證或護照等身份證明及復印件；5、申請事由相關的證明材料。法律依據：《中國公民因私事往來香港地區或者澳門地區的暫行管理辦法》第六條內地公民因私事前往香港、澳門，須向戶口所在地的市、縣公安局出入境管理部門提出申請。第九條內地公民因私事申請前往香港、澳門，須回答有關詢問并履行下列手續：（一）交驗戶口簿或者其他戶籍證明。（二）填寫申請表；（三）提交所在工作單位對申請人前往香港、澳門的意見；（四）提交與申請事由相應的證明。

第2種觀點： 法律分析：在公安機關出入境管理部門辦理。內地公民因私事前往香港、澳門，憑公安機關簽發的前往港澳通行證或者往來港澳通行證，從指定的口岸通行;返回內地也可以從其他對外開放的口岸通行。內地居民可單獨申請往來港澳通行證。法律依據：《中華人民共和國普通護照和出入境通行證簽發管理辦法》 第四條 公民申請普通護照，應當由本人向其戶籍所在地縣級以上地方人民政府公安機關出入境管理機構提出，并提交下列真實有效的材料：（一）近期免冠照片一張以及填寫完整的《中國公民因私出國（境）申請表》（以下簡稱申請表）；（二）居民身份證和戶口簿及復印件；在居民身份證領取、換領、補領期間，可以提交臨時居民身份證和戶口簿及復印件；（三）未滿十六周歲的公民，應當由其監護人陪同，并提交其監護人出具的同意出境的意見、監護人的居民身份證或者戶口簿、護照及復印件；（四）國家工作人員應當按照有關規定，提交本人所屬工作單位或者上級主管單位按照人事管理權限審批后出具的同意出境的證明；（五）省級地方人民政府公安機關出入境管理機構報經公安部出入境管理機構批準，要求提交的其他材料。現役軍人申請普通護照，按照管理權限履行報批手續后，由本人向所屬部隊駐地縣級以上地方人民政府公安機關出入境管理機構提出。

第3種觀點： 法律分析：內地公民因私事前往香港、澳門，須向戶口所在地的市、縣公安局出入境管理部門提出申請。經批準前往香港、澳門定居的內地公民，由公安機關出入境管理部門發給前往港澳通行證；批準短期前往香港、澳門的內地公民，發給往來港澳通行證。法律依據：《中國公民因私事往來香港地區或者澳門地區的暫行管理辦法》第六條 內地公民因私事前往香港、澳門，須向戶口所在地的市、縣公安局出入境管理部門提出申請。第十二條 經批準前往香港、澳門定居的內地公民，由公安機關出入境管理部門發給前往港澳通行證。持證人應當在前往香港、澳門之前，到所在地公安派出所注銷戶口，并在規定的時間內前往香港、澳門。經批準短期前往香港、澳門的內地公民，發給往來港澳通行證。持證人應當在規定時間內前往并按期返回。