D5509次列車途經站點依次為：南通站、如皋南站、海安站、姜堰站、泰州站、揚州站、南京站。D5509次列車是從南通站出發，最終到達南京站的一趟動車。這趟列車在途經多個城市和站點時，為乘客提供了便捷的交通方式。從南通出發后，列車首先會抵達如皋南站，這是位于南通北部的一個重要交通節點。接下來，列車會繼續向北行駛，經過海安站，這里是連接南通與泰州的關鍵樞紐。離開海安后，D5509次列車會抵達姜堰站，這個站點雖然規模不大，但對于當地居民來說，卻是出行的重要門戶。緊接著，列車會駛入泰州站，泰州作為江蘇省的一個重要城市，其交通地位不言而喻。在泰州稍作停留后，列車將繼續前往揚州站，揚州不僅是一座歷史文化名城，也是蘇中地區的重要交通中心。最后，D5509次列車將抵達終點站南京站。南京作為江蘇省的省會城市，擁有極為發達的交通網絡，這趟列車的到達，無疑為南通與南京之間的交流和合作提供了更為便利的條件。總的來說，D5509次列車途經的每一個站點，都是其線路上的重要一環，共同構成了這條連接南通與南京的便捷通道。