萬佛塔共有17層，總高度為99.99米，其建筑結構為明9層暗8層。這座塔由清華大學建筑學院教授、古建筑專家郭黛姮設計，她是梁思成的弟子。塔內設有一部電梯，可直達第13層，為游客提供了便利。萬佛塔的每一層都有其獨特的主題。地下一層是舍利地宮，象征著佛的遺骸。第一層的主題是釋迦牟尼佛，象征著智慧與慈悲。第二層是大慈彌勒菩薩，象征著寬厚與仁愛。第三層則是大悲觀音菩薩，代表著憐憫之心。第四層是大愿地藏菩薩，象征著對眾生的深切關懷。第五層是大智文殊菩薩，象征著智慧之光。第六層是大行普賢菩薩，象征著大行與大愿。第七層是西方三圣，包括阿彌陀佛、觀世音菩薩和大勢至菩薩。第八層代表西方極樂世界，象征著無盡的和平與幸福。第九層是東方三圣，包括藥師佛、日光菩薩和月光菩薩。第十層代表東方凈琉璃世界，象征著光明與希望。第十一層是法華世界，象征著真理與法的顯現。第十二層是華嚴世界，象征著廣大與圓滿。第十三層是華嚴三圣，包括毗盧遮那佛、文殊菩薩和普賢菩薩。第十五層設有一個祈福鐘，游客可以在這里敲鐘祈福。第十七層則是金華佛光，象征著佛光普照，帶來無盡的光明與智慧。