科研機構豐富，科研成果顯著等。科研機構豐富：西南醫科大學有各級各類科研平臺90個，其中省部級及以上科研平臺46個（其中同位素及藥物國家工程研究中心（共建）1個、國家中醫藥傳承創新中心1個、國家級博士后工作站3個、國家大學科技園、國家級科普基地1個、教育部重點實驗室（醫藥基礎研究創新中心）2個、四川省重點實驗室4個、四川省工程實驗室1個、四川省院士（專家）工作站1個、四川省國際科技合作基地1個），是“四川省心血管疾病防治協同創新中心”牽頭單位。獲批市廳級及以上科研團隊46個。科研成果顯著：西南醫科大學2018年以來，獲批國家級自科類項目166項（其中國家自然科學基金重點項目、區域聯合重點項目累計3項）、社科類項目14項，省部級自科類項目409項、社科類項目34項。科研經費總額突破12.7億元。發表SCI期刊論文（總數）5657篇，SSCI論文119篇，CSSCI論文62篇。獲省部級及以上科技成果獎40項。獲發明專利授權173件、實用新型專利授權1054件。