食品生產許可現場核查結論為未通過現場核查的情形包括以下幾種：1. 生產場所不符合要求，如設施、裝置、管道、設備等不符合相關標準，且未進行更新和維修。2. 生產人員操作不規范，如不符合衛生要求，生產壞死的動、植物及非動、植物原料等。3. 生產過程不規范，如生產過程中添加了不允許的化學物質、色素和香料等。4. 生產加工原料不合格，如原材料的質量不符合相關規定，或出現質量問題時沒有配合有力的處置措施。5. 標簽不規范，產品的標簽信息不符合規定，影響了消費者的購買意愿。6. 申請人不配合現場核查，如拒絕或阻撓核查人員的檢查。7. 現場核查時生產設備設施不能正常運行。8. 存在隱瞞有關情況或提供虛假材料的情形。9. 其他因申請人主觀原因導致現場核查無法正常開展的情形。如果上述問題影響了現場核查的順利進行，核查組可以判定現場核查不通過。