是的，機關事業單位有時會補發6月工資。

補發工資的情況通常與多種因素有關，包括但不限于政策調整、預算審批延遲或系統更新導致的工資發放延誤。例如，當政府實施新的薪酬政策或調整工資標準時，可能需要一段時間來完成相關手續和計算，這可能導致工資的正常發放時間被推遲。一旦這些調整完成，機關事業單位便會盡快補發拖欠的工資，以確保員工的權益不受影響。

具體來說，補發6月工資可能意味著在正常的工資發放周期之外，額外進行一次工資發放。這個過程可能涉及對之前月份工資的重新核算，以及對個人所得稅等扣款的相應調整。在某些情況下，補發工資還可能包括因延誤而產生的利息或補償金，以彌補員工因工資延遲發放而可能遭受的損失。

此外，補發工資不僅僅是一個財務操作，它還體現了機關事業單位對員工的責任與關懷。及時、準確地補發工資，能夠增強員工的歸屬感和滿意度，提高工作積極性和效率。同時，這也是機關事業單位維護自身形象和信譽的重要舉措，體現了其管理水平和財務穩健性。

總的來說，機關事業補發6月工資是一個綜合考量的結果，旨在保障員工的合法權益，維護單位的正常運營秩序，并促進員工與單位之間的和諧關系。