三都水族自治縣的歷史沿革錯綜復雜，涉及多個朝代的更替和政權的變化。夏朝時期，該地區屬于梁州東南部。商朝時期，則劃歸荊州西南部。到了周朝，三都成為越國的領土，兼有牂牁國的部分地盤。秦朝時期，三都隸屬于象郡且蘭縣。漢朝時，這里又是牂牁郡的一部分。進入晉至南朝宋時期，三都的地理歸屬更為復雜，部分區域屬于牂牁郡的東南角，其余部分則隸屬于武陵郡的西南角。南朝齊時期，牂牁郡的東南角和齊熙郡的西北角在此地交界。梁、陳時期，三都歸南牂牁郡管理。隋朝時期，三都再次劃歸牂牁郡。唐朝貞觀三年，三都境內開始設立行政區劃，建立了婆覽縣，涵蓋今三都的恒豐、塘州、合江等地；都尚縣則覆蓋現今的三都都江一帶，當時屬于應州管轄，州治設在都尚縣。宋朝時期，三都隸屬于夔州路的紹慶府，是該府所轄五十六羈縻州的南部東段邊地。元朝至元二十六年，三都西南部的爛土等地成立定云府，陳蒙洞改為陳蒙州，合江提升為合江州。至元二十八年，設立陳蒙爛土軍民安撫司。明朝洪武年間，三都定云安撫司改為都勻安撫司；洪武二十四年，張均被封為合江州陳蒙爛土長官，隸屬于都勻衛。弘治七年，長官司歸屬獨山州，成為新設都勻府的一部分。雍正九年，設立都江廳通判，即今三都水族自治縣都江鎮，歸都勻府管轄。雍正十二年，爛土司地置三腳屯州同，即今三合、大河、普安、中和等鄉鎮。民國二年，都江廳改稱都江縣，三腳州同改稱三合縣。民國三十年，貴州省政府將都江、三合兩縣合并，改名三都縣，三都縣治設三合鎮，都江縣署改為區署。1949年12月6日，三都解放；1950年1月14日，三都縣人民政府成立。1956年9月11日，國務院決定撤銷三都縣，設置三都水家族自治縣，同年12月21日，更名為三都水族自治縣。1957年1月2日，三都水族自治縣正式成立，縣治設三合鎮，隸屬黔南布依族苗族自治州。自那時起，縣名和縣治一直保持至今。三都水族自治縣不僅是全國唯一的水族自治縣，還位于貴州省，是連接西南省區南下出海的重要通道之一，也是通往桂林、貴陽、昆明至樟江國家級喀斯特森林保護區旅游線路上的便捷通道。