一般而言，西部錦龜的母龜體形較圓，而公龜體形較長。母龜的底板通常平坦，而公龜的底板則呈凹形。尾巴較短的一般是母龜，尾巴較長的則是公龜。此外，母龜腹部的花紋通常較為密集，而公龜腹部的花紋則較為稀疏。在雌性龜的特征方面，它們的背甲較短且寬，腹甲平坦且中央無凹陷，尾巴細且短，尾基部也細，泄殖孔距腹甲后緣較近，腹甲的2塊肛盾形成的缺刻較淺，缺刻角度較大。相比之下，雄性龜的背甲較長且窄，腹甲中央略微向內陷，尾巴粗且長，尾基部粗，泄殖孔距腹甲后緣較遠，腹甲的2塊肛盾形成的缺刻較深，缺刻角度較小。值得注意的是，雄性龜在成熟后全身會變為黑色，而雌性龜的體色則保持原來的棕褐色。由于烏龜的生殖器官都包在身體內，外觀上很難直接分辨性別。但要通過觀察烏龜交配的姿勢，可以較為準確地分辨。在交配時，雄龜會采用上位，雌龜則在下位，以防止滑落。因此，雄龜的腹甲略為凹陷，可以卡住雌龜突起的背殼。而雌龜的腹甲則是平的。通過翻轉烏龜并觸摸腹甲的幅度，可以迅速辨別出雌雄。