ISO14001認證審核的第一階段主要關注企業環境管理體系的初步建立狀況，包括管理體系的規劃情況、法律法規的遵守情況、文件化體系的完備性以及相關資質確認。這一階段還會考察企業對于重要環境因素的識別情況，以及員工的環境管理能力，同時也會評估企業內部審核和管理評審的實施情況。第二階段審核則更加全面，是在第一階段審核的基礎上，依據ISO14001標準的全部要求，進行一次深入的審核。這一階段著重檢查管理體系是否能夠有效運行，以及各項環境管理措施是否符合標準要求。第一階段審核通常會進行文件評審和初步現場考察，以了解企業的環境管理體系狀況，確定第二階段審核的重點。而第二階段審核則會涵蓋管理體系的所有要素，包括環境因素識別、環境目標和指標、環境管理體系的實施和運行、管理評審和內部審核等，全面評估企業的環境管理體系是否符合標準要求。總的來說，第一階段審核旨在確保企業具備了建立環境管理體系的基礎條件，而第二階段審核則是對企業環境管理體系進行全面、深入的檢查，確保其能夠有效運行，達到ISO14001標準的要求。