1、申報方式不同：

申報雙抬頭報關單，需要用特定的材料和文件，主要是代理協議，單抬頭報關單同樣有其對應的文件，兩者不同。

2、抵扣稅不同：

對于單抬頭申報，海關在出具關稅和增值稅發票時也是單抬頭，實際是雙臺頭但報關卻是單臺頭，則只有經營單位才能拿這個稅單去抵扣，收貨人就沒法用了。雙抬頭報關則沒有這一缺陷，二者皆可用。

擴展資料：

申報

出口貨物的發貨人在根據出口合同的規定，按時、按質、按量備齊出口貨物后，即應當向運輸公司辦理租船訂艙手續，準備向海關辦理報關手續，或委托專業（代理） 報關公司辦理報關手續。

需要委托專業或代理報關企業向海關辦理申報手續的企業，在貨物出口之前，應在出口口岸就近向專業報關企業或代理報關企業辦理委托報關手續。接受委托的專業報關企業或代理報關企業要向委托單位收取正式的報關委托書，報關委托書以海關要求的格式為準。

準備好報關用的單證是保證出口貨物順利通關的基礎。一般情況下，報關應備單證除出口貨物報關單外，主要包括：托運單（即下貨紙）、發票一份、貿易合同一份、出口收匯核銷單及海關監管條件所涉及的各類證件。

申報應注意的問題：報關時限：報關時限是指貨物運到口岸后，法律規定發貨人或其代理人向海關報關的時間限制。出口貨物的報關時限限為裝貨的24小時以前。不需要征稅費、查驗的貨物，自接受申報起1日內辦結通關手續。

參考資料來源：百度百科-雙抬頭

參考資料來源：百度百科-報關