2016年商鋪契稅稅率為3%\~5%。具體稅率會根據商鋪的性質和所在地的具體規定有所不同。一般來說，契稅的計稅依據是房屋權屬轉移時的成交價格或評估價格。以下是關于商鋪契稅的詳細解釋：

1. 商鋪契稅定義及作用：商鋪契稅是在購買商鋪時，根據國家稅法規定需要繳納的一種稅費。其主要作用是調整房地產交易市場的價格，確保市場的穩定和健康發展。

2. 稅率差異原因：商鋪契稅的具體稅率因地區和政策差異而異。不同地區會根據當地房地產市場狀況、經濟發展狀況以及政府調控需求來制定相應的稅率。

3. 計算方式：商鋪契稅的計算基礎通常是商鋪的成交價格或評估價格。根據這一基礎，再乘以相應的稅率，即可得出應繳納的契稅金額。

4. 政策變化：需要注意的是，稅率和具體規定可能會隨著時間和政策調整而變化。因此，在購買商鋪時，建議咨詢當地的稅務部門或房地產中介機構，以確保了解最新的政策和規定。

總之，2016年商鋪契稅的稅率在3%\~5%之間，具體稅率及計算方式可能因地區和政策的差異而有所不同。在購買商鋪時，建議詳細了解當地的稅務政策，確保合規操作。