DDQ氧化反應后的處理方法是一個關(guān)鍵步驟，最初采用二氧六環(huán)作為溶劑，處理過程包括先蒸干溶劑，接著加入兩倍于反應溶劑量的正己烷和一倍的二氯甲烷，這有助于DDQ相關(guān)的雜質(zhì)析出形成固體，經(jīng)過濾后，通常會用NaHCO3進行洗滌。然而，這種常規(guī)步驟可能導致產(chǎn)物回變原料，導致低產(chǎn)率。

后來的嘗試轉(zhuǎn)向使用THF作為溶劑，并加入等量的K2CO3。文獻建議的后處理方法是加水進行終止反應，然后通過EA萃取水層。然而，在處理大量樣品時，由于DDQ呈深棕色，使得操作變得困難，難以觀察分液界面，稀釋也無效。

目前，最常采用的方法是直接蒸干反應混合物，然后通過柱層分離。盡管這樣可以避免部分DDQ相關(guān)物質(zhì)附著在產(chǎn)物上，但仍有殘留。另外，嘗試過使用IBX氧化，但仍然存在雜質(zhì)問題。在實際應用中，當DDQ與有機物以1.18:1的比例反應，且DDQ過量時，反應結(jié)束后，通過過濾、濾液濃縮和一系列堿性（如氫氧化鈉）、酸性（如鹽酸）和中性（如氯化鈉）溶液洗滌，主要目的是利用對苯二酚鹽在水溶液中的高溶解度去除雜質(zhì)。理論上，這種方法不會產(chǎn)生氰化鈉，因為這種化合物需要更劇烈的反應條件才能形成。