北京大學第六醫院由南院和北院組成，它們在地理位置和規模上有所差異。南院作為總部，坐落在制造局路639號，而北院則位于寶山漠河路280號，原為市三醫院（現開放床位數為1987張，其中南院1000張，北院800張）。

北京大學第六醫院不僅是北京大學精神病學與精神衛生學的重要臨床基地，還肩負著人才培養和科研重任。它被聯合國世界衛生組織認定為北京精神衛生研究和培訓的協作中心，同時也是中國疾病預防控制中心的精神衛生中心，體現了其在國際學術領域的顯著地位。

在科研方面，北京大學第六醫院更是表現出色。醫院擁有衛生部唯一的精神衛生學重點實驗室，并且是教育部批準的精神病與精神衛生學國家重點學科。其精神病學/心理學學科更是躋身全球基本科學指標數據庫（ESI）的前1%，彰顯了其在全球學術研究中的高水平和影響力。

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