在明朝的官僚體系中，指揮使和鎮撫使的地位并非一目了然。實際上，這兩個職務在明初和中期經歷了多次調整。朱元璋在創建“拱衛司”后改稱為“親軍都尉府”，旨在強化中央統治。然而，為了進一步加強集權，他在洪武十五年廢除了親軍都尉府和儀鸞司，設立了錦衣衛，其中便設有鎮撫司。盡管錦衣衛和鎮撫司僅存在了五年，但它們在明朝歷史上的影響長達290年。

朱棣即位后，出于對明惠宗下落的搜尋和統治需要，恢復了錦衣衛。此時，錦衣衛下設的鎮撫司被分為南、北兩司，職責分工明確。南鎮撫司負責錦衣衛的內部法紀和軍紀管理，而北鎮撫司則專管皇帝欽定的案件，擁有獨立的詔獄，有權逮捕、審訊和處決犯人，無需司法程序。此外，南、北鎮撫司還下轄五個衛所，由千戶、百戶、總旗和小旗等官員統領。

總結起來，盡管在不同時期，指揮使和鎮撫使的角色有所變化，但鎮撫司在明朝歷史中扮演了特殊且重要的角色，尤其是在案件審理和皇帝直接管轄的事務上，其權力不可小覷。