在Kindle 3上直接進行分類存放較為繁瑣，且僅支持建立英文文件夾。可以使用第三方軟件在電腦端進行中文分類管理，如Kindle Collection Manager、亂汪世KindleCollections和KindleLabra。這些軟件的基本操作不難，但各有其局限性。Kindle Collection Manager是一款輕量級的軟件，文件大小為649KB，目前版本為0.4.1，僅支持Windows系統。使用前可能需要下載Microsoft .NET Framework 4.1。連接Kindle和電腦后，可以通過拖拽操作進行分類管理，但每次新增書籍后需要重新分類并重啟Kindle。盡管如此，它仍比在Kindle本機上操作要方便，并支持中文分類。KindleCollections是一款無需安裝的軟件，文件大小為380KB，目前版本為2.8.883。它的界面為中文，USB連接Kindle和電腦后可以直接使用。通過拖拽操作，可以實現Kindle上顯示的分類。KindleLabra適用于Windows和Linux平臺，允許多選操作，并支持自動備份。但在使用前，需要運行install.bat來安裝Python和GTK。盡管一些用戶認為它比Kindle Collection Manager更好用，但安裝過程較為繁瑣。Collection Generator是一款網友開發的軟件，可以自動分類。用戶在Documents中建立分類文件夾后，運行CollectionGenerator程序并重啟Kindle，即可自動生成分類。這種方式相對更方便。需要注意的是，使用這些軟件后，通常需要重啟Kindle才能顯示新的分類。Kindle的重新啟動方法是：電腦彈出設備后，在Home頁面下依次選擇“Menu”、“Settings”、“Menu”、“Restart”。在測試中，這些軟件都出現過整理不完全的情況，建議在書籍較多時選擇一種工具進行整理，其余的不完全分類可在本機手動分類。在多看系統下，所拷貝的書籍可以直接放在DK_Documents目錄下，也可以建立相應的文件夾。在多看系統的“分類”中，所有一級文件夾都會依次顯示。最后，Kindle Collection Manager軟件更新至0.5.0版，新增了多項功能，如支持多選拖放、有聲讀物文件支持等。但部分文件名可能顯示亂碼，具體情況不明。