男性特有的遺傳學特性使得伴X染色體隱性基因的發病率與其在男性中的基因頻率保持一致。男性只攜帶一條X染色體，因此，當一個基因（以Aa表示）為隱性時，男性個體中的基因頻率Xa就等于這種基因型XaY的數量，即Xa/（XAY+XaY）。發病率的計算同樣基于這種基因型頻率，即XaY的出現概率。由于男性只有一種X染色體，所以發病率直接反映了基因的頻率，即伴X染色體隱性基因在男性中的發病率等于該基因的基因頻率。

伴X染色體隱性遺傳的特點在于它的遺傳模式。這種遺傳方式表現出隔代交叉遺傳，即致病基因可能從母親遺傳給兒子，而不是女兒。由于男性只有一個X染色體，所以男性患者通常多于女性，即“女病，父子病”。具體實例包括常見的紅綠色盲癥、血友病，以及在果蠅中表現的白眼遺傳等遺傳疾病，如進行性肌營養不良、家族性遺傳性視神經萎縮、眼白化病等，以及先天性夜盲癥和血管瘤病等。