副主任科員和副科級干部之間存在一些關鍵差別，主要體現在職務性質和待遇上。首先，"副主任科員"是一個職務名稱，屬于非領導職務，而"副科級"則是一個職級名稱，涵蓋了副科長和副主任科員在內的職位。這意味著副主任科員雖然在層級上低于副科長，但并非僅僅是科員的升級，而是國家公務員體系中獨立的職級。

在待遇方面，副主任科員雖然被稱為副科級，但其待遇并非僅限于副科級，而是根據國家公務員的職級體系來確定，有自己的編制和相應的福利。從科員晉升到副主任科員，實質上是職務晉升，不僅僅是級別的提升。

此外，職務與行政級別之間雖然通常不直接對應，但在特殊情況下，如地方官員同時擔任上一級黨委常委，其級別會按照上一級計算。例如，鄉科級的正職和副職分別對應的是各地市和縣市的政府、人大、政協下屬科室的正副職，以及各鄉鎮政府的正副職。

總的來說，副主任科員和副科級干部的區別主要在于職務的領導權限和對應的待遇體系，而非簡單的級別概念。