昆明市食品藥品監督管理局在昆明國家高新技術產業開發區、昆明國家經濟技術開發區、昆明滇池國家旅游度假區設立了分局，這些分局作為派出機構，級別為正科級。各分局的行政編制為5名工作人員，其中包括2名領導職務。昆明市食品藥品監督管理局負責保健食品的監督管理，但若法律、法規有其他規定，將依照其規定執行。食品安全監管的職責在昆明市已明確分工。具體來說，昆明市衛生局負責建立食品安全綜合協調機制，實施綜合監督，并承擔食品安全綜合協調和查處重大食品安全事故的職責。昆明市農業局負責監管農產品生產環節，昆明市質量技術監督局負責監管食品生產加工環節，昆明市工商行政管理局負責監管食品流通環節，而昆明市食品藥品監督管理局則負責監管餐飲業和食堂等消費環節的食品安全。昆明市食品藥品稽查隊是昆明市食品藥品監督管理局下屬的直屬執法單位，主要負責對藥品、醫療器械、保健食品、化妝品和消費環節食品安全的違法行為進行稽查。昆明市食品藥品監督管理局對稽查隊的行政執法行為進行監督，并對其行為的后果承擔法律責任。昆明市衛生局和昆明市食品藥品監督管理局將根據情況推進食品藥品監督管理隊伍的整合。昆明市食品藥品監督管理局負責管理昆明市的食品藥品稽查隊。