在時間的長河中，《軒轅劍五》的劇情有著清晰的時間線。《云之遙》講述了皇甫暮云青年時期的故事，而《漢之云》則聚焦于朝云與暮云壯年時期對抗。當朝云與暮云合體，他們進入山海界，故事隨之轉移到了《軒轅劍五》的舞臺。《云之遙》的主角徐暮云和《漢之云》的主角皇甫朝云是雙胞胎兄弟，同為軒轅劍的轉世。《云之遙》從暮云16歲左右開始，到了本篇后期，暮云大約20-22歲，這時諸葛亮第三次北伐已經結束，飛羽部隊已經建立，但朝云和暮云尚未正面交鋒。《云之遙》的蘭茵篇和兩個五丈原篇的時間與《漢之云》大致相同，從對立的角度講述了諸葛亮第四、五次北伐的故事。在故事的尾聲，朝云、暮云為了諸葛亮的生死在觀星臺對決，最終一人犧牲，另一人繼承了死者的劍氣，以皇甫暮云的名字前往山海界救天女。《軒轅劍五》的故事，無論是正常結局還是隱藏結局，最終皇甫暮云都會在山海界死去，變回劍的原形。隱藏結局是理解整個故事的關鍵，因為它完整地講述了黃帝與天女的凄美故事以及軒轅劍的來歷。在隱藏結局中，皇甫暮云為了將劍身上的文字展示給天女而自盡。這一結局對完善《軒轅劍》系列的劇情與故事架構至關重要。而在《漢之云》的情節中，夏柔帶著軒轅劍回到軒轅界，將劍交給耶亞希，劍中的朝云靈魂與耶亞希融合。皇甫暮云前往山海界的原因是為了救天女，因為天女曾是黃帝和天女合作鑄造的軒轅劍的化身，后來因下凡太久變成了旱魁，黃帝將其關押在山海界。山海界的幾個首領又將天女分為身、魄、精三部分，分別囚禁。在《一劍凌云山海情》中，普通結局下，暮云與陸承軒戰斗至死，隱藏結局中，暮云為了感動天女而自盡，化身為軒轅劍，讓天女看到劍上的銘文。