河豚含有河豚毒素（TTX），這種毒素在河豚的性腺、肝臟、脾臟、眼睛、皮膚、血液等部位含量較高。尤其是卵巢和肝臟毒性最強，其次是腎臟、血液、眼睛、鰓和皮膚，而精巢和肉則多為弱毒或無毒。在處理河豚時，需要格外小心，確保去除內臟、眼睛、魚腮和魚皮，用清水反復清洗干凈。河豚肉質細膩，味道鮮美，營養豐富，具有很高的藥用價值。從其肝臟和卵巢中提取的河豚素、河豚酸和河豚巢素等是珍貴的藥材。河豚毒素非常穩定，難以通過鹽腌、日曬或一般加熱烹飪來消除。因此，漁民在加工前會先去除內臟、皮、頭等含毒部位，洗凈血污，或長時間烹煮或腌制食用。如果處理不當，毒素會迅速發揮作用，且通常無法有效救治。在中國，為了保障民眾安全，國家明確規定禁止飯店供應河豚魚。但在日本，河豚魚的食用有著悠久的歷史，成為其飲食文化的重要組成部分。河豚魚的加工過程極為嚴格，一名合格的河豚廚師需接受至少兩年的培訓并通過考試，才能獲得執照開業。每條河豚的加工去毒需要經過30道工序，一個熟練的廚師通常需要20分鐘才能完成。河豚一般被飼養在專門的池塘中，食用前用網兜捕捉，用小刀割去魚鰭，切除魚嘴，挖除魚眼，剝去魚皮，然后剖開魚肚取出魚腸、肝臟、卵巢和腎臟等含毒內臟，再將肉一小塊一小塊放進清水中漂洗。經過處理后的魚塊潔白如玉，晶瑩剔透。接著，將其切成極薄的片，擺成菊花或仙鶴等圖案。食用時，夾起魚片蘸上醬油和辣椒慢慢品嘗，最后再喝一碗河豚魚湯，口感極佳。對于河豚魚中毒患者，目前尚無特效解救藥物。