廈門大學擁有多元化的院系設置，涵蓋了人文、社會科學、自然科學、工程技術、醫學等多個領域。其中，人文學院、新聞傳播學院、外文學院、法學院等主要關注人文社會科學領域的教學與研究。如新聞傳播學院致力于培養具備新聞采編、傳播理論及新媒體應用能力的專業人才；外文學院則專注于英語、日語等語言的教學與研究，提供豐富的語言文化課程。在社會科學方面，經濟學院、管理學院、公共事務學院等機構重點關注經濟、管理、公共政策等領域。經濟學院通過研究經濟學理論與實踐，培養經濟分析與決策的專業人才；管理學院則專注于企業管理、市場營銷等領域的教育與研究，培養具有戰略眼光與管理能力的復合型人才。自然科學方面，數學科學學院、物理與機電工程學院、化學化工學院、材料學院、生命科學學院等機構專注于基礎科學與應用科學的研究。數學科學學院致力于培養數學、統計學等領域的專業人才；物理與機電工程學院則通過研究物理現象與機電技術，培養工程領域的專業人才；化學化工學院專注于化學、化工領域的教學與研究，培養具有創新精神的化學、化工專業人才。在工程技術方面，信息科學與技術學院、軟件學院、海洋與環境學院、信息科學與技術學院、建筑與土木工程學院等機構則致力于工程技術領域的發展與創新。信息科學與技術學院通過研究計算機科學與技術，培養具有創新精神的信息技術專業人才；軟件學院則專注于軟件工程領域的教育與研究，培養具有軟件開發能力的專業人才；海洋與環境學院則通過研究海洋科學與環境科學，培養具有海洋與環境研究能力的專業人才。醫學領域，醫學院致力于培養醫學專業的學生，涵蓋基礎醫學、臨床醫學等多個方向；體育教學部則專注于體育教育與研究，培養具有體育素養的專業人才。此外，廈門大學還設有多個專門研究機構，如南洋研究院、臺灣研究院、國學研究院、王亞南經濟研究院、海洋與海岸帶發展研究院、海峽兩岸發展研究院、廈門國際法高等研究院、財務管理與會計研究院、生物醫學研究院等，這些機構專注于特定領域的研究，為廈門大學的學術研究與社會服務提供了重要的支持。廈門大學（深圳）研究院和繼續教育與職業教育學院則致力于區域發展與教育服務，為當地經濟與社會發展提供智力支持與人才培養。最后，能源研究院則專注于能源領域的研究，為廈門大學的學術研究與社會服務提供支持。