在使用智能馬桶時，先沖還是先洗的問題一直備受爭議。有人認為，先沖馬桶再清洗，就像使用普通馬桶一樣簡單，沖完后直接清洗即可。但專家指出，沖馬桶時，瞬間氣旋會將病菌或微生物帶到6米高并懸浮數小時，甚至落在牙刷和毛巾上。因此，沖馬桶時應蓋上馬桶蓋，避免病菌擴散。若PP直接坐在馬桶上沖水，病菌會附著其上，雖然之后會清洗，但心里仍會感到不安。另一種觀點是先清洗再沖馬桶。但這也存在爭議，因為排泄物會留在馬桶中，持續散發臭味。清洗PP的過程雖然只需幾秒鐘，但是否愿意在臭味中進行，確實是個問題。杜菲尼建議正確的使用方式是：蓋上馬桶蓋，沖水，然后坐回去清洗PP，最后再沖一次。這個流程看起來并沒有問題，但許多人表示接受無能，因為這過程耗時耗水耗電，日積月累下來，恐怕連一個博士后都能在廁所讀完。日本供水局的官網給出的正確使用方法是先洗PP再沖馬桶。但許多人仍表示不能接受，因為沖洗PP加上烘干的時間，衛生間中的異味難以忍受。這一問題至今沒有一個完美的解決方案。