區分天然野生甲魚與養殖甲魚可以從多個方面著手。首先，從外形上看，野生甲魚的背部光潔平滑，裙邊厚實；而養殖甲魚的背部則較為粗糙，裙邊較薄。接著，爪子的特征也是一個重要的區分點，野生甲魚的爪子又硬又尖，顏色發黃，而養殖甲魚的爪子則不硬不尖，顏色發白。在觀察甲魚的腹部時，野生甲魚的肚皮發黑，條紋清楚，顏色發暗；而養殖甲魚的肚底則發白發紅，質地較嫩。此外，野生甲魚的油脂呈現出黃色，質地黏稠富有膠質，而養殖甲魚的油脂則較多且呈淡白色，黏性較差。辨別甲魚的雌雄同樣重要。雄性甲魚的生殖器超出裙邊，又大又粗；而雌性甲魚雖然體厚，但體內通常含有許多甲魚蛋，外表看似肥壯，但剖開后則顯得肉薄而空。購買甲魚時還應注意識別病殘甲魚和注水甲魚。病殘甲魚往往枯瘦，有的甚至爛腹，爬行艱難。一些不法商販會通過給甲魚注水來增加其重量，以賣出高價。注水甲魚的特征是觸之軟而不實，觀之體壯而不猛，招之呆而不靈，顛之不會翻身。