根據國務院590號令的規定，房屋征收補償遵循“先補償后搬遷”的原則，意味著補償金額必須在搬遷前通過協議明確，不可先搬遷再談補償，更不允許拆除房屋后再確定補償金額。因此，房屋補償協議一旦確定，付款方式應依照協議約定執行。若協議中未明確付款次數，雙方可以通過補充協議來解決，前提是雙方都應具備相互信任的精神，征收方不應擔心先支付款項后對方不按協議搬遷，被征收方也不應擔心搬遷騰空后征收方不支付補償款。在實際操作過程中，通常會將協議中的房屋補償款一次性付清，而其他獎勵及補貼或過渡費用則在騰空驗收后支付。合同中會明確約定違約責任，例如若被征收方未按協議約定時間搬遷，則可以取消其獎勵或補貼等，以此來確保雙方能夠公平公正地履行各自的權利和義務。政府將補償款分兩次支付，其中一次支付補償款的50%，這種說法并不準確。在實際操作中，通常會一次性支付全部補償款，并在騰空驗收后支付其他獎勵及補貼或過渡費用。這樣做可以確保被征收方有足夠的時間準備搬遷，同時也能避免因多次支付而增加的復雜性和不確定性。無論補償款是一次性支付還是分多次支付，關鍵在于確保協議的明確性和雙方的信任。政府應當遵守協議條款，及時支付補償款；被征收方則需按時搬遷，避免違約行為導致獎勵或補貼被取消。這樣，雙方才能在公平公正的基礎上順利完成房屋征收補償過程。