深圳港澳通行證補辦流程包括網上辦理和窗口辦理兩種方式。網上辦理流程較為簡便，首先登錄深圳市公安局民生警務平臺或“深圳公安”微信公眾服務號，按要求填寫申請信息并預約時間、地點，按預約前往窗口提交材料。窗口辦理則需要根據預約日期、時間前往辦證大廳，按照流程提交申請材料。無論是哪種方式，申請人都需要準備齊全的材料，并確保材料符合法定要求。受理人員會現場核驗材料，符合條件的將予以受理并繳費，不符合條件的將出具《不予受理通知書》。對于材料不齊全的情況，申請人需當場更正或一次性告知需要補正的內容。受理后，申請材料將被審核并報送市局審批，市局將在2個工作日內完成審批。符合條件的，省廳會在3個工作日內制作、簽發證件。非廣東省戶籍居民需等待10個工作日辦結，但公安機關認為需要調查的時間不計入承諾的辦結時限。申請人可以選擇約定的方式領取證件，包括到遞交申請的深圳市行政務大廳出入境服務廳領取或選擇郵遞方式。