1975年11月，六合縣劃歸南京市管轄。1980年4月26日，南京市設立大廠區。2000年3月，六合縣的部分城鎮合并成立雄州鎮，成為六合縣委、縣政府所在地，鎮域面積112.3平方千米，轄25個行政村和10個社區居民委員會，人口13.8萬。2002年4月，六合縣與大廠區合并成立新的六合區，六合區轄5個街道和14個鎮，土地面積1500平方千米。2007年，雄州鎮被撤銷，新設雄州街道辦事處，面積70.3平方千米，人口11.5萬。同年，新集鎮被撤銷，設立龍池街道辦事處和葛塘街道辦事處。2010年1月，八百橋鎮、程橋鎮、橫梁鎮被撤銷，設立金牛湖街道、程橋街道、橫梁街道。2012年8月，六合區街鎮行政區劃進一步調整，雄州街道、瓜埠鎮合并為雄州街道，卸甲甸街道與西廠門街道合并為大廠街道，橫梁街道與新篁鎮合并為橫梁街道，長蘆街道與玉帶鎮合并為長蘆街道，龍袍鎮與東溝鎮合并為龍袍街道，馬集鎮與馬鞍鎮合并為馬鞍街道。調整后，六合區轄雄州、金牛湖、橫梁、程橋、龍池、龍袍、馬鞍、大廠、長蘆、葛塘10個街道辦事處和竹鎮、冶山兩個鎮。2014年，六合區冶山鎮被撤銷，設立冶山街道辦事處。這些行政區劃調整反映了南京市六合區在不斷發展中的變化。