學術型碩士主要培養的是教學和科研人才，而工程碩士則是為了適應市場需求，培養應用型人才。學術型碩士教育更注重理論研究，而工程碩士則側重于實際應用。學術型碩士的招生條件較為寬松，無需考生具備一定年限的工作經歷。而工程碩士則分為10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可以根據自己的實際情況選擇。考試難度方面，學術型碩士的統考競爭激烈，而工程碩士的“聯考”雖然相對較易，但更看重申請者的實際工作經驗。學術型碩士的入學難度較高，一些名校熱門專業的錄取比例甚至高達70:1。工程碩士則有兩次考試機會，考生可以根據自己的實際情況選擇。不同專業的入學難度各不相同，熱門專業的競爭更為激烈。學術型碩士通常采用全日制學習方式，學制為3年。而工程碩士則分為脫產全日制和非脫產學習兩種方式，學制為2-3年。學術型碩士的學費由國家計劃內（非定向、定向）的碩士生享受免學費待遇，計劃外的則需繳納學費，一般為8000元/年。工程碩士則從2010年起，基本與學術型碩士一致。學術型碩士同時頒發學位和學歷證書，而工程碩士則在10月份的單獨考試中僅頒發學位證書，1月份的考試中同時頒發學位和學歷證書。工程碩士專業學位旨在培養應用型、復合型高層次工程技術和工程管理人才，與工學碩士學位處于同一層次。學術型碩士是一個介于學士及博士之間的研究生學位，旨在培養具有獨立思考能力的科研人才。學術型研究生是碩士研究生的一個分支，與專業碩士相對應，接受普通碩士教育以培養教學和科研人才為主。