熒光分光光度計與紫外可見分光光度計在結構上存在顯著差異。熒光分光光度計配備有兩個單色器，相較于一般紫外可見分光光度計的單一單色器，具備更高分辨率和分析能力。在光源與檢測器的布置上，熒光分光光度計將兩者設置為直角分布，這有助于有效分離和檢測熒光信號，而紫外可見分光光度計則采用線性分布，簡化了光學系統設計。光源的選擇也是兩者的關鍵區別之一。熒光分光光度計通常采用氙燈作為光源，能提供廣泛的光譜范圍，適用于熒光分析。而紫外可見分光光度計則分別以氘燈作為紫外區光源和鎢燈或鹵鎢燈作為可見光區光源，確保了在特定波段的高精度測量。在比色皿設計上，熒光分光光度計的比色皿具有四壁為光學面的特性，能夠更準確地捕獲和檢測熒光信號，而紫外可見分光光度計的比色皿僅具備兩面為光學面，適應于一般光譜分析需求。