廈門的機動車輛年費標準為660元/年·噸，對于小于等于1噸的車輛按1噸計征，1噸以上的小數位不足0.5噸的按0.5噸計征，超過0.5噸的按1噸計征。對于廈門市的小型出租車和私家小客車，年費則為396元/年·輛。客車的計費方式是以每10座折算為1噸，臥鋪車的每個床位按普通客車1.5個座位計征。貨車則是按照核定裝載噸位計費，10噸至20噸的部分按一半計征，20噸以上40噸及以下的部分按四分之一計征，超過40噸的部分不予計征。不能載客載貨的機動車輛，按自重噸位折半計征。廈門市貸款道路（公路）車輛通行費的收費標準依據《中華人民共和國公路法》、《收費公路管理條例》、《城市道路管理條例》以及《關于廈門市調整貸款道路（公路）車輛通行費收費標準的批復》（閩交財〔2005〕54號）等規定制定。廈門市貸款道路（公路）包括所有貸款建設的道路、橋梁、隧道。凡在廈門登記上牌的機動車輛，以及進入廈門行政區域道路行駛的外地機動車輛，都需要繳納通行費。通行費分為年費和次費，用戶可根據自身情況選擇繳納方式。選擇年費的用戶需在每年12月31日前繳納下一年度的費用。車輛通行費由市交通行政主管部門負責管理，包括收費和使用情況的監督。市公安、財政和價格主管等部門也需協同做好收費管理工作。通行費主要用于道路建設、債務償還及養護開支。同時，廈門路橋建設集團有限公司具體承擔收費工作。為提高通行效率，車輛通行費采用聯網收費方式，推廣不停車收費。市交通行政主管部門應監督收費機構嚴格按規定收費，防止亂收費。對違反規定的，相關部門將依法處理。拒不繳費或違規使用電子標簽的車輛將面臨相應處罰。廈門市人民政府于2019年4月27日發布通告，宣布自2019年5月1日起停止收取“四橋一隧”的車輛通行費，并對相關費用退繳事宜作出規定。