海南小客車指標搖號的網上申請流程如下：首先，在百度搜索海南省小客車保有量調控管理信息系統網站：https://www.hnjdctk.gov.cn。進入該網站后，選擇"我想買車"選項。點擊【個人增量指標業務】菜單，進入賬號登錄界面。如果您還沒有注冊，則點擊【還未注冊？】菜單，進入賬戶注冊界面。注冊前，需要閱讀《海南省小客車保有量調控管理辦法（試行）》及承諾，并勾選已讀"選擇框"表示已閱讀。接下來選擇【用戶類型】，確認無誤后，點擊【下一步】，進入賬號注冊界面。系統賬戶注冊時，錄入相關個人信息，并獲取短信驗證碼，在信息填寫完畢后點擊【提交】，進入用戶首頁界面。完成注冊后，點擊【增量指標】，選擇相應身份類型，點擊【填報申請】進入申報填寫界面。在申報填寫界面，仔細閱讀各提示，如實填寫相應信息。信息確認填寫無誤后點擊【下一步】，如想重新選擇身份類型點擊【返回】。最后，點擊【下一步】后，進入"信息確認頁面"，確認填寫所有信息無誤，勾選個人承諾后點擊【提交】提交申請。系統提示"填報成功"，表示數據已經提交到系統后臺，完成整個申請流程。