南京39路公交線路從應天大街雨花路開往南京西站，運營時間為早上5點30分至晚上22點整。而從南京西站開往應天大街雨花路的39路公交車，則在早上5點20分開始運行，直到晚上22點40分。具體來說，39路公交覆蓋的站點包括應天大街雨花路、中華門地鐵站、賽虹橋立交東、賽虹橋立交西（長江裝飾城）、應天大街泰山路、應天大街黃山路、應天大街恒山路、應天大街湖西街、江東中路應天大街、江東中路集慶門大街、江東萬達廣場、江東中路水西門大街、江東北路漢中門大街、江東北路東寶路、江東北路清涼門大街、江東北路閩江路、江東北路草場門大街、省婦幼保健院、江東北路龍園北路、江東北路定淮門大街、江東北路三汊河、農貿中心、南醫大二附院（熱河南路）、熱河南路、熱河路以及南京西站。這些站點覆蓋了南京市區的主要道路和交通樞紐，為市民和游客提供了便捷的公共交通服務。此外，39路公交不僅連接了多個重要區域，還穿過了南京的多個著名景點，如中華門地鐵站、江東中路集慶門大街和江東萬達廣場等，方便乘客游覽南京。南京39路公交的運營時間安排得十分合理，確保了乘客無論何時出行都能找到合適的班次。無論是早出晚歸的上班族，還是需要在深夜回家的學生，都能享受到方便的公共交通服務。