南京南站高鐵站入口位于南京市雨花臺區玉蘭路98號三樓。乘坐地鐵1號線和3號線，可以通過4/5號口出站，上手扶梯，到達3樓南廣場檢票大廳樓層。而地鐵s1和s3號線則建議從7號口和8號口進出站，速度更快。南京南站的獨特之處在于其“橋建合一”的站房設計，這意味著買票、候車、出站、上車等活動均在一個立體空間內進行，但分布在不同樓層。站房共有五層：地下兩層為地鐵站臺層，地鐵1號線、3號線南北貫通同臺換乘，地鐵S1號線、S3號線東西貫通同臺換乘。地下一層則集站房設備、地鐵站廳、商業開發層及市政配套車庫于一體。地面一層作為出站及綜合交通方式換乘的區域，四角設有配樓，包括出租車場站、公交場站、南京汽車客運南站和鐵路售票處等設施。地上二層是站臺層，共有28條鐵軌通過，同時設有北進站廣廳、貴賓區和一個鐵路售票處。地上三層則為候車層及送站平臺，設有客服商業夾層，共有56個檢票口和100多個自動檢票機，每個角落還配備了售票處。南京南站的布局設計充分考慮了乘客的便捷性和舒適性，無論是從地鐵換乘，還是從不同樓層進出站，都能實現快速、高效的服務體驗。