深圳港澳通行證的補辦流程分為網上辦理和窗口辦理兩種。網上辦理首先需要登錄深圳市公安局民生警務平臺或“深圳公安”微信公眾服務號，填寫申請信息并預約。申請人需根據預約時間前往指定地點提交材料，受理人員將當場審核并決定是否受理。審核通過后，材料將由市局進行審批，審批結果將由省廳制作并簽發證件，申請人需按預約方式領取。窗口辦理流程與網上辦理相似，申請人需提前在網上預約，按預約時間前往指定窗口提交材料。受理人員會核驗申請材料并當場決定是否受理。申請人需等待市局審批，審批通過后，由省廳制作并簽發證件。申請人按預約方式領取證件。值得注意的是，非廣東省戶籍的居民在補辦港澳通行證時，需等待10個工作日才能完成。公安機關在處理申請時，如果認為需要調查，調查時間將不計入承諾的辦結時限。申請人還需注意，未滿十六周歲的申請人首次申請港澳通行證時，應由監護人陪同；若監護人無法陪同，則可以委托他人。而持有我市簽發的有效往來港澳通行證申請港澳簽注或持有非我市簽發的有效往來港澳通行證已在我市申請過赴港澳簽注再次申請港澳簽注的，可以委托他人代為申請，但申請人在港澳地區的，不得委托他人代為申請。整個補辦流程中，申請人需確保提供的材料齊全、規范、符合法定形式，以便順利辦理。