1、制作方法不同：大曲酒采用頂部發酵，酵母一直漂浮在發酵液體的表面。這種方式發酵的啤酒適合溫度高的環境16-24℃，在裝瓶后白酒會在瓶內繼續發酵。這類白酒偏甜，酒精含量高，常常帶有更加濃烈的口感，而且酒體很飽滿。在溫暖的發酵過程中可以形成果仁味和水果味，如果麥芽烘焙的很好，也可以出現巧克力香和蜂蜜香，而小曲酒以馬鈴薯或玉米、大麥、黑麥為原料，用精餾法蒸餾出酒度高達96%的酒精液，再使酒精液流經盛有大量木炭的容器，以吸附酒液中的雜質，最后用蒸餾水稀釋至酒度40-50%，除去酒精中所含毒素和其他異物的一種純凈的高酒精濃度的飲料。2、制作原料不同：大曲酒為糖化發酵劑，大曲酒的原料主要是小麥、大麥，加上一定數量皮正的碗豆。大曲又分為中溫曲、高溫曲和超高溫曲。一般是固態發酵，大曲燃皮悔酒所釀的酒質量較好，多數名優酒均以大曲釀成。而小曲酒所用原料以大米為主，制成的酒具有獨特的米香。3、使用的酵母不同：大曲中主要的微生物是曲霉和醋酸菌、乳酸菌以及酵母。根據近年研究，發現曲中的微生物存在的種類與制曲溫度有密切的關系。不同的制曲溫度直接影響著大曲酒的風味特點。制曲溫度低于攝氏五十度，釀成的白酒中含醋酸乙酯多，屬清香型。用高溫攝氏五十五度至六十度制的大曲，釀成的白酒中含己酸乙酯較多，屆濃香型。小曲是米粉和米糠并添加香料制成，形狀比較小，有圓餅形式圓球形，也有正方形或是長方形。南方各省生產的白酒約有一半是小曲灑。小曲酒的香氣清談，屆米香型。用小曲酗酒，用曲少，出酒率高，除了釀造白酒外，還能釀造黃酒。制造小曲，添加香料，對微生物的繁殖有利。小曲中的主要微生物是根霉和毛霉以及少量酵母。在制曲時選擇多菌種混合制曲，對改進小曲酒的香氣有利。4、產地不同：大曲酒多在中國北方生產，而小曲酒多在南方生產。