別墅違建的收費方式并不是固定的，而是根據具體情況和法律規定來確定。

一般來說，別墅違建的收費主要包括罰款和可能的違法所得沒收兩部分。罰款的計算依據主要是違建工程的造價。根據《中華人民共和國城鄉規劃法》的相關規定，未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設。如果尚可采取改正措施消除對規劃實施的影響，會限期改正，并處建設工程造價百分之五以上百分之十以下的罰款。如果無法采取改正措施消除影響，會限期拆除；不能拆除的，會沒收實物或者違法收入，同時可以并處建設工程造價百分之十以下的罰款。

在具體執行過程中，罰款金額會由相關部門根據違建部分的工程造價進行評估后確定。例如，如果違建部分的工程造價為10萬元，那么根據規定，罰款金額將在5千元至1萬元之間。但請注意，這只是一個示例，實際罰款金額還需根據具體情況來確定。

此外，如果違建行為涉及違法所得，如通過違建部分獲得的經濟利益，這些違法所得也可能會被沒收。在一些情況下，特別是當違建別墅面積較大且位于價值較高的地段時，罰款金額可能會非常高昂。例如，有報道提到杭州市蕭山區某違建別墅因面積近3000平方米，如果不拆除將面臨近900萬元的罰款，這是按照違法建筑物的評估價的30%乘以違建面積來計算的。

綜上所述，別墅違建的收費方式主要包括罰款和違法所得沒收兩部分，具體金額由相關部門根據違建工程的造價和具體情況進行評估后確定。因此，建議別墅業主在裝修或擴建前務必了解并遵守相關法律法規和規劃要求，避免產生不必要的違建費用和法律風險。