數碼寶貝新世紀的自動掃描操作如下：

當玩家在游戲中的區域探索度達到百分之百時，便能激活自動掃描功能。這需要玩家在探索過程中不斷前進，直到所有可探索的區域都被標記為已訪問。

一旦探索度達到100%，在游戲界面上會顯示一個自動探索的按鈕。玩家需要點擊這個按鈕，確保游戲知道他們想要啟用自動掃描模式。

完成上述步驟后，點擊“開始自動探索”按鈕，游戲將自動對剩余的未知區域進行掃描，大大減少了手動探索的繁瑣步驟。

值得注意的是，自動掃描可能不會立即開始，具體取決于游戲當前的運行狀況以及玩家的網絡連接速度。此外，自動掃描過程中，玩家仍需保持游戲界面的激活狀態，以確保自動掃描功能正常運作。

《數碼寶貝：新世紀》是中國大陸首款包含原作動畫劇情的手機游戲，由萬代南夢宮（上海）與奇俠互娛聯合開發，歷時三年打造。游戲注重還原IP設定，保持原汁原味，并創新生態玩法，得到版權方全程策劃監修支持。