三代指的是代扣代繳、代收代繳和委托代征，它們分別是稅收法律、行政法規中規定的稅收繳納方式。代扣代繳是指單位或個人在支付款項時，代替稅務機關從支付給納稅人的收入中扣留稅款并向稅務機關解繳。代收代繳則是在收取款項時，代替稅務機關向納稅人收取稅款并向稅務機關繳納。委托代征是由稅務機關根據法律規定委托特定單位或人員在特定條件下代為征收零星、分散和異地繳納的稅款。48號文對不同類型的三代行為規定了手續費的計算方法。代扣代繳稅款的手續費比例為不超過代扣稅款的0.5%，年度最高限額為70萬元，超過限額部分不予支付。對于法律、行政法規明確規定手續費比例的，按照規定執行。例如，個稅法第十七條明確規定，對扣繳義務人按照所扣繳的稅款，付給百分之二的手續費。對于代收代繳車輛車船稅，手續費比例不超過代收稅款的1%，無限額。代收代繳證券交易印花稅的手續費比例不超過代收稅款的0.03%，年度最高限額為500萬元。代收代繳其他稅款的手續費比例不超過代收稅款的1%。稅務機關委托交通運輸部門海事管理機構代征船舶車船稅，手續費比例不超過代征稅款的5%。稅務機關委托代征人代征車輛購置稅，每輛車支付15元手續費。稅務機關委托代征人代征其他零星分散、異地繳納的稅收，手續費比例不超過代征稅款的1%。申請三代稅款手續費的時間為每年的3月31日前，申請資料需提交給稅務機關。如果因單位或個人自身原因未能按時提交申請，則視為自動放棄上一年度的手續費。各級稅務機關應嚴格審核手續費申請情況，當年部門預算批復后，應及時支付“三代”稅款手續費。如果代扣、代收扣繳義務人和代征人在年度內終止扣繳義務或代征關系，應在終止后3個月內向稅務機關提交手續費申請資料，由稅務機關辦理手續費清算。關于手續費的使用，不必須給個人，而是單位的內部分配問題。單位收到的手續費，屬于增值稅應稅收入，應按6%的稅率繳納增值稅。手續費也屬于所得稅應稅收入，應按相關規定繳納所得稅。稅務機關對三代的管理包括不得擴大未明確規定的代扣代繳、代收代繳義務范圍，不得將已確定的代扣代繳、代收代繳稅款委托他人代征，應辦理登記手續，同時支付比例只能比標準低。企業需要關注的問題是依法履行三代義務、及時申請手續費以及了解手續費屬于增值稅和所得稅的應稅收入。通過明確了解這些規定，企業可以確保正確處理三代相關的稅務問題，并合規地進行稅務操作。